This readme.txt file was generated on by ------------------- GENERAL INFORMATION ------------------- 1. Title of Dataset Supporting Data for "From Order to Disorder: Computational Design of Triblock Amphiphiles with 1 nm Domains" 2. Author Information Group Author: Materials Research Science & Engineering Center (MRSEC) Principal Investigator Contact Information Name: J Ilja Siepmann Institution: Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of Minnesota Address: 421 Washington Avenue SE, Minneapolis, Minnesota 55455-0132, United States Email: siepmann@umn.edu ORCID: http://orcid.org/0000-0003-2534-4507 Associate or Co-investigator Contact Information Name: Timothy P. Lodge Institution: Department of Chemistry, University of Minnesota Address: 207 Pleasant St. SE, Minneapolis, Minnesota 55455-0431, United States Email: lodge@umn.edu ORCID: http://orcid.org/0000-0001-5916-8834 Associate or Co-investigator Contact Information Name: Zhengyuan Shen Institution: Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of Minnesota, Address: 421 Washington Avenue SE, Minneapolis, Minnesota 55455-0132, United States Email: ORCID: 3. Date of data collection: 2019-03-05 to 2020-05-07 4. Geographic location of data collection (where was data collected?): 5. Information about funding sources that supported the collection of the data: MRSEC award DMR-1420013 -------------------------- SHARING/ACCESS INFORMATION -------------------------- 1. Licenses/restrictions placed on the data: CC0 1.0 Universal, http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ 2. Links to publications that cite or use the data: “From order to disorder: computational design of symmetric triblock amphiphiles with 1-nm domains”, Z. Shen, V. Vernadskaia, J. Chen, S. P. Ertem, M. A. Hillmyer, T. M. Reineke, T. P. Lodge and J. I. Siepmann, J. Am. Chem. Soc., 142, 9352-9362, 2020. 10.1021/jacs.0c01829. https://doi.org/10.1021/jacs.0c01829 3. Links to other publicly accessible locations of the data: 4. Links/relationships to ancillary data sets: 5. Was data derived from another source? If yes, list source(s): 6. Recommended citation for the data: Shen, Zhengyuan; Chen, Jingyi L; Vernadskaia, Viktoriia; Ertem, S Piril; Mahanthappa, Mahesh K; Hillmyer, Marc A; Reineke, Theresa M; Lodge, Timothy P; Siepmann, J Ilja. (2020). Supporting Data for "From Order to Disorder: Computational Design of Triblock Amphiphiles with 1 nm Domains". Retrieved from the Data Repository for the University of Minnesota, https://doi.org/10.13020/7zcr-w347. --------------------- DATA & FILE OVERVIEW --------------------- Data including input/output and restart files for all the systems, analysis codes (python, fortran, cpp), and figures in the paper "From Order to Disorder: Computational Design of Triblock Amphiphiles with 1 nm Domains." Sample molecular dynamics trajectories pieces are provided due to the extremely long simulation trajectories. 1. File List A. Filename: cluster_analysis Short description: The "disordered" folder contains the methods to calculate the cluster distributions and cumulative distribution functions (CDFs) for the hydrogen-bonded and non-polar networks for the disordered systems at temperatures higher than T_ODT. Sample trajectories are provided as inputs. The "loop_fraction" folder contains methods to estimate the molecular fraction of "loop" configurations in lamellar (LAM) structures. cluster_analysis⁩ ▸ disordered⁩ ▸ polar⁩ ▸ ⁨README.txt The procedure for performing cluster analysis based on elliptical hydrogen bonding criterion can be divided into three steps. First, the combined radial-angular distribution of O-O distance r_O-O and Theta_O-H--O angle is analyzed for all possible combinations between all pairs of molecules. Results are binned into a 2D rectangular grid with r_O-O ranges from 2 Å to 4 Å and Theta_O-H--O ranges from 120° to 180°. The resolutions for the radial and angular dimension are 0.2 Å and 1°, respectively. The resulting distribution are normalized by the combined radial-angular distribution obtained from two random vectors, which is uniform in r_O-O and cos(Theta_O-H--O). Since the original binning is performed directly on Theta_O-H--O, the Jacobian in the angular dimension needs to be accounted for before normalization. Second, after obtaining the normalized 2D distribution, the corresponding heatmap is plotted and an elliptical boundary is chosen so that it approximates the boundary of the enhanced region with bin value greater than 1. Finally, with the elliptical hydrogen bonding criterion, each pair of molecules is determined to be hydrogen bonded or not, leading to a graph with each edge indicating a unique pair of molecules connected by hydrogen bond. Cluster analysis is performed through analyzing the connected components of the graph using Breath-First Search algorithm. cluster_analysis⁩ ▸ ⁨disordered⁩ ▸ ⁨non_polar⁩ ▸ ⁨README.txt Analysis of the trajectories of the disordered structures implemented in Jupyter. Required python packages: MDAnalysis, mdtraj Calculates the cumulative distribution function (CDF) of the probability of finding a molecule in a cluster of size N. ⁨cluster_analysis⁩ ▸ ⁨loop_fraction⁩ ▸ README.txt Calculate the loop fraction in the LAM phase by decomposing the whole pdb files into clusters of polar parts, based on the O-O cutoff distance determined from the O-O RDFs. B. Filename: hbond_stat Short description: Calculated data for average number of intermolecular H-bonds per hydroxyl group for all oligomers. mol_name = Name of the molecule T_SIM = Simlaution temperature n_O = Number of hydroxy oxygens per molecule HB_tot = Total number of hydrogen bonds including inter- and intra-molecular HB. Each pair is counted twice HB_inter1 = Number of intermolecular HBs for species 1 in each pair HB_inter2 = Number of intermolecular HBs for species 2 in each pair HB_intra = Number of intramolecular HBs in a pair Inter_per_O_double = Double-counted intermolecular HB per oxygen Inter_per_O = Intermolecular HB per oxygen C. Filename: manuscript_figures Short description: 6 figures in pdf format D. Filename: orientation Short description: Calculates the orientation distributions, and end-to-end distance distributions of the ABA types which form LAM phases. Includes that for all molecules, molecules forming bridge conformations, and molecules forming loop conformations. E. Filename: simulation Short description: Simulation Input/Output Long Description: This folder contains sample simulation trajectories from GROMACS molecular dynamics package for all the block amphiphiles studied in the paper. For each type of molecule, one piece of the total simulation trajectory is provided as an example. Sample input files include: *.itp *.top *.mdp min.gro # Input conformation from disordered states or from the last equilibration run *.tpr Sample output files include: *.trr # Simulation trajectory for current round of equilibration (position) *.edr # Simulation trajectory for current round of equilibration (energy) eql.gro # Output conformation after current round of equilibration, also the restart conformation for the next *.log *.cpt Sample script command for running MD: gmx grompp -f eql.mdp -c min.gro -p sys.top -o eql -po eqlout.mdp gmx mdrun -deffnm eql -ntmpi 2 -ntomp 8 -nb gpu F. Filename: structure_factor Short description: This is an example for structure factor calculations. The pdb files here belongs to the system of B6A4B6 at Tsim = 440 K. All the pdb files are generated using the "gmx trjconv" function in GROMACS. With all the pdb files ready, one can run "bash RunSAXS.sh" to get the average structure factor. - 2. Relationship between files: 3. Additional related data collected that was not included in the current data package: 4. Are there multiple versions of the dataset? yes/no If yes, list versions: Name of file that was updated: i. Why was the file updated? ii. When was the file updated? Name of file that was updated: i. Why was the file updated? ii. When was the file updated? -------------------------- METHODOLOGICAL INFORMATION -------------------------- 1. Description of methods used for collection/generation of data: The MD simulation trajectories (*.trr) are collected using GROMACS 5.0.0 software. 2. Methods for processing the data: The single-frame configurations are generated by cutting the trajectories, and write into *.pdb/*.gro formats. Additional data were generated by analysis programs. 3. Instrument- or software-specific information needed to interpret the data: Python 3 or above is required for all python analysis scripts. Specific python libraries required: MDAnalysis 1.0.0, mdtraj 1.9.3 4. Standards and calibration information, if appropriate: 5. Environmental/experimental conditions: 6. Describe any quality-assurance procedures performed on the data: The analysis were performed on multiple pieces of a trajectory that gave the same results within uncertainty range, to ensure the simulations are fully equilibrated. 7. People involved with sample collection, processing, analysis and/or submission: Zhengyuan Shen, Jingyi Chen, Viktoriia Verdnaskaia ----------------------------------------- FILE-TREE STRUCTURE FOR DATASET ----------------------------------------- 88 directories, 1385 files . ├── [4.0K] cluster_analysis/ │   ├── [ 0] Icon\r │   ├── [4.0K] disordered/ │   │   ├── [ 0] Icon\r │   │   ├── [4.0K] non_polar/ │   │   │   ├── [ 54K] CDF.png │   │   │   ├── [ 23K] CDF3123.dat │   │   │   ├── [ 31K] Graph.png │   │   │   ├── [ 0] Icon\r │   │   │   ├── [8.7K] NonpolarCluster.py │   │   │   ├── [1.0K] README.txt │   │   │   ├── [ 31K] pairwise_histogram_3123.png │   │   │   └── [1.1G] trj_3123_dis.pdb │   │   └── [4.0K] polar/ │   │   ├── [4.0K] 2-10-2-450/ │   │   │   ├── [ 0] Icon\r │   │   │   ├── [ 54K] box-1-2D-hist.dat │   │   │   ├── [ 25K] box-1-frac.dat │   │   │   ├── [ 25K] box-1-mol-percent.dat │   │   │   ├── [ 25K] box-1-percent.dat │   │   │   ├── [1.2K] box-1-r-hist.dat │   │   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