This codebook.txt file was generated on 20190501 by Vaidyanathan Sethuraman Please send comments/queries or bug reports to vsethura@umn.edu ------------------- GENERAL INFORMATION ------------------- 1. Title of Dataset: Input and data for "Simulating precursor steps for fibril formation in methylcellulose solutions" 2. Author Information Principal Investigator Contact Information Name: Kevin Dorfman Institution: University of Minnesota Twin Cities Address: Department of Chemical Engineering and Materials Science, 421 Washington Ave SE, Minneapolis, Minnesota 55455 Email: dorfman@umn.edu Associate or Co-investigator Contact Information Name: Vaidyanathan Sethuraman Institution: University of Minnesota Twin Cities Address: Department of Chemical Engineering and Materials Science, 421 Washington Ave SE, Minneapolis, Minnesota 55455 Email: vsethura@umn.edu 3. Information about funding sources that supported the collection of the data: University of Minnesota Materials Science Research and Engineering Center under Award No. DMR-1420013. -------------------------- SHARING/ACCESS INFORMATION -------------------------- 1. Licenses/restrictions placed on the data: CC0 1.0 Universal, http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ 2. Links to publications that cite or use the data: https://doi.org/10.1103/PhysRevMaterials.3.055601 3. Links to other publicly accessible locations of the data: Videos showing evolution of methylcellulose: http://hdl.handle.net/11299/202217 Codes for generating, running, and analysis: https://github.com/vaidyanathanms/methylcellulose_multichain.git 4. Links/relationships to ancillary data sets: See (3) 5. Was data derived from another source? No If yes, list source(s): N/A 6. Citation for this dataset: Sethuraman, Vaidyanathan; Dorfman, Kevin. (2019). Input and data for "Simulating precursor steps for fibril formation in methylcellulose solutions". Retrieved from the Data Repository for the University of Minnesota, https://doi.org/10.13020/kkcn-8g83. --------------------- DATA & FILE OVERVIEW --------------------- Software packages required: LAMMPS (Version - 11 Aug 2017) or later, FORTRAN 90/95, MATLAB 2017b or later, Python 3.0 or later, VMD 1.9.1. Compilers required: mkl, openmp, ifort 1. File List There are 27 directories, 602 files in this dataset. See also codes_usage/README.pdf for a detailed list of the files used ├── [ 192] Fig_1/ │   ├── [ 484] README │   ├── [123K] fig_1a.dat │   ├── [123K] fig_1b.dat │   └── [123K] fig_1c.dat ├── [ 160] Fig_2/ │   ├── [426K] Fig_2a.dat │   ├── [426K] Fig_2b.dat │   └── [ 282] README ├── [ 576] Fig_3/ │   ├── [ 485] README │   ├── [1.2M] dump_stage0.lammpstrj │   ├── [3.7M] dump_stage1.lammpstrj │   ├── [ 48M] dump_stage2.lammpstrj │   ├── [480M] dump_stage3.lammpstrj │   ├── [419M] dump_stage4_24000000.lammpstrj │   ├── [ 743] in.cgpair_MC │   ├── [1.5K] in.cgrun1 │   ├── [1.2K] in.cgrun2 │   ├── [1002] in.cgrun3 │   ├── [1.0K] in.cgrun4 │   ├── [206K] inpdata_trial3.data │   ├── [ 213] inprep.txt │   ├── [ 35K] replicate_diff_geometry.f90 │   ├── [866K] replicated_4_0.05.data │   └── [490K] replicated_inpdata_trial3.data_0.05 ├── [ 672] Fig_4/ │   ├── [ 645] README │   ├── [194K] avgeigval_dump_stage3.lammpstrj │   ├── [1.9K] indeig_dump_stage0.lammpstrj │   ├── [5.8K] 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[ 323] timesheet.dat │   ├── [1.4K] n8_t7_block_0.03/ │   │   ├── [ 199] dump_stage0.lammpstrj │   │   ├── [ 199] dump_stage1.lammpstrj │   │   ├── [ 199] dump_stage2.lammpstrj │   │   ├── [ 199] dump_stage3.lammpstrj │   │   ├── [ 199] dump_stage4_19000000.lammpstrj │   │   ├── [ 199] dump_stage4_9000000.lammpstrj │   │   ├── [ 470] globeig_dump_stage0.lammpstrj │   │   ├── [ 987] globeig_dump_stage1.lammpstrj │   │   ├── [ 18K] globeig_dump_stage2.lammpstrj │   │   ├── [ 48K] globeig_dump_stage3.lammpstrj │   │   ├── [ 71K] globeig_dump_stage4_19000000.lammpstrj │   │   ├── [ 92K] globeig_dump_stage4_9000000.lammpstrj │   │   ├── [193K] globshapefac.dat │   │   ├── [3.7K] indeig_dump_stage0.lammpstrj │   │   ├── [7.8K] indeig_dump_stage1.lammpstrj │   │   ├── [149K] indeig_dump_stage2.lammpstrj │   │   ├── [388K] indeig_dump_stage3.lammpstrj │   │   ├── [581K] indeig_dump_stage4_19000000.lammpstrj │   │   ├── [747K] indeig_dump_stage4_9000000.lammpstrj │   │   ├── [191K] 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rgsys_dump_stage4_19000000.lammpstrj │   │   ├── [135K] rgsys_dump_stage4_9000000.lammpstrj │   │   └── [ 323] timesheet.dat │   └── [ 384] src/ │   ├── [6.2K] anaeig.m │   ├── [1.2K] analyze_kappa.m │   ├── [9.1K] consolidate_eigendata.m │   ├── [3.5K] genplane.m │   ├── [9.4K] kappa_ana.m │   ├── [3.5K] pl_indeig.m │   ├── [4.5K] pl_indkap.m │   ├── [7.4K] plot_generic_kappa.m │   └── [1.8K] read_analyze_indeig.m ├── [ 160] Fig_9/ │   ├── [ 416] 9a/ │   │   ├── [4.9M] dump_stage1.lammpstrj │   │   ├── [ 48M] dump_stage2.lammpstrj │   │   ├── [118M] dump_stage3.lammpstrj │   │   ├── [100M] dump_stage4_19000000.lammpstrj │   │   ├── [240M] dump_stage4_9000000.lammpstrj │   │   ├── [ 743] in.cgpair_MC │   │   ├── [1.5K] in.cgrun1 │   │   ├── [1.2K] in.cgrun2 │   │   ├── [1002] in.cgrun3 │   │   ├── [1.0K] in.cgrun4 │   │   └── [1.2K] in.cgrun5 │   ├── [ 352] 9b/ │   │   ├── [ 26K] dump_stage1.lammpstrj │   │   ├── [ 48M] dump_stage2.lammpstrj │   │   ├── [480M] dump_stage3.lammpstrj │   │   ├── [266M] dump_stage4_24000000.lammpstrj │   │   ├── [ 743] in.cgpair_MC │   │   ├── [1.5K] in.cgrun1 │   │   ├── [1.2K] in.cgrun2 │   │   ├── [1002] in.cgrun3 │   │   └── [1.0K] in.cgrun4 │   └── [ 285] README ├── [4.6K] Readme_master.txt └── [ 224] codes_usage ├── [ 527] README.aux ├── [ 13K] README.log ├── [ 50K] README.pdf ├── [8.1K] README.synctex.gz └── [3.0K] README.tex 2. Relationship between files: FORTRAN files are used to generate initial configuration and to analyze trajectories. LAMMPS files are used to generate trajectories. Python files are used to do parameter sweeps. MATLAB files are used to post process analyzed files and to plot output data. ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Codes.tar.gz ----------------------------------------- It contains the following subdirectories: (1) f90 (contains FORTRAN files), (2) py (contains Python files), (3) matlab (contains Matlab files), (4) LAMMPS (contains LAMMPS files), (5) readme (contains documentation). Also added how to run FORTRAN codes. See attached (The folder is within codes.tar.gz – Once untarred, it is under the folder src/readme). See Codes_usage.pdf in the readme folder for more detail. ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 1 ----------------------------------------- Data for Fig 1 in the main manuscript. File format: LAMMPS trajectory files. Use VMD 1.9.1 or later for viewing Terminal commands vmd -lammpstrj fig_1*.dat (* represents a,b or c, and vmd is the path to the executable) Color code (Use Graphics->Representations->Create Rep to create separate representations) For Fig (a) index 0 - 999 -> orange index 1000 - 1999 -> green index 2000 - 2999 -> yellow index 3000 - 3999 -> red For Figs (b) and (c) index 0 - 999 -> blue index 1000 - 1999 -> red index 2000 - 2999 -> yellow index 3000 - 3999 -> green ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 2 ----------------------------------------- Data for Fig 2 in the main manuscript. File format: LAMMPS trajectory files. Use VMD 1.9.1 or later for viewing Terminal commands vmd -lammpstrj fig_1*.dat (* represents a,b and vmd is the path to the executable) Color code (Use Graphics->Representations->Create Rep to create separate representations) index 0 - 999 -> yellow index 1000 - 1999 -> green ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 3 ----------------------------------------- To see the snapshots in the main paper, please upload all the dump_stage?.lammpstrj files into VMD. While uploading make sure that all lammpstrj file is uploaded into the SAME FILE. Please make sure the files are loaded in the ascending sequence of the suffix numbers in dump_stage?.lammpstrj. For instance, here it is to be uploaded as dump_stage0.lammpstrj, dump_stage1.lammpstrj ... dump_stage4_2400000.lammpstrj 3(a) -- snapshot #1 3(b) -- snapshot #182 3(c) -- snapshot #3063 3(d) -- snapshot #4855 Color code (Use Graphics->Representations->Create Rep to create separate representations) index 0 - 999 -> Orange index 1000 - 1999 -> Cyan index 2000 - 2999 -> Green index 3000 - 3999 -> Yellow To generate the trajectories, please use LAMMPS Aug-2017 version or later with the in.cgrun? files sequentially. In case, the run fails at any point, please try a lower timestep. ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 4 ----------------------------------------- Load indeig_dump_stage?.lammpstrj into MATLAB Each time data consists of 4 values of eigenvalues corresponding to each chain. Subtract the data from the first chain to plot. The x-axis of Fig 4 is scaled depending upon the timestep The data is as follows: trial nchains dist dumpname delta_t delta_nfr 7 4 0.05 dump_stage0.lammpstrj 0.005 10000 7 4 0.05 dump_stage1.lammpstrj 0.0005 10000 7 4 0.05 dump_stage2.lammpstrj 0.0005 10000 7 4 0.05 dump_stage3.lammpstrj 0.0005 5000 7 4 0.05 dump_stage4_24000000.lammpstrj 0.0005 5000 To read this for example, for indeig_dump_stage0.lammpstrj, each snapshot is at a time difference of 0.005*10000. trial# is a counter for file indexing. nchains is the number of chains Dumpname is the trajectory file delta_t is the timestep used in LJ units delta_nfr corresponds to the saved frequency of trajectory ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 5 ----------------------------------------- Data for Fig 5 in the main manuscript. File format: LAMMPS trajectory files. Use VMD 1.9.1 or later for viewing Terminal commands vmd -lammpstrj fig_1*.dat (* represents a,b and vmd is the path to the executable) Color code (Use Graphics->Representations->Create Rep to create separate representations) index 0 - 999 -> yellow index 1000 - 1999 -> green ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 6 ----------------------------------------- Use VMD 1.9.1 or later to open the file. Guide to open the file 1) Open VMD 2) Go to the File menu and click on Load visualiazation state 3) Load this file. The figure data corresponds to the following snapshot number Fig. 6(a) -> snapshot #1 Fig. 6(b) -> snapshot #86 Fig. 6(c) -> snapshot #212 Fig. 6(d) -> snapshot #1415 Fig. 6(e) -> snapshot #5095 ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 7 ----------------------------------------- Load indeig_dump_stage?.lammpstrj into MATLAB Each time data consists of 4 values of eigenvalues corresponding to each chain. Subtract the data from the first chain to plot. The x-axis of Fig 7 is scaled depending upon the timestep The data is as follow Trial nchains dist dumpname delta_t delta_nfr 6 4 0.03 dump_stage0.lammpstrj 0.005 10000 6 4 0.03 dump_stage1.lammpstrj 0.0005 10000 6 4 0.03 dump_stage2.lammpstrj 0.0005 10000 6 4 0.03 dump_stage3.lammpstrj 0.0005 5000 6 4 0.03 dump_stage4_18000000.lammpstrj 0.0005 5000 To read this for example, for indeig_dump_stage0.lammpstrj, each snapshot is at a time difference of 0.005*10000. trial# is a counter for file indexing. nchains is the number of chains Dumpname is the trajectory file delta_t is the timestep used in LJ units delta_nfr corresponds to the saved frequency of trajectory ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 8 ----------------------------------------- **** The trajectory files are not uploaded due to file size constraints **** **** Please contact me at vsethura@umn.edu if the trajectory files are required **** This requires MATLAB2017b or later to reproduce the results Each of the directory correspond to a given bar in Fig 8 of the main text. The movies are available in the repository link given in the supplementary information. The figure_data blocks correspond to each directory given here. Please DO NOT change the directory name -- if you change the directory name, please change the paths in the file src/plot_generic_kappa.m To use follow this instructions: open plot_generic_kappa.m in MATLAB and run after changing paths if necessary. If the paths are not changed, following is the map between the directories and Fig 8. Directory name Map to figure n4_t61_block_0.05/ Fig. 8a/B1 n4_t63_block_0.03/ Fig. 8a/B2 n4_t6_alternate_0.07/ Fig. 8a/B3 8c n4_t4_block_0.05/ Fig. 8a/B4 8c n4_t5_block_0.05/ Fig. 8a/A1 n4_t63_alternate_0.05/ Fig. 8a/A2 n4_t63_alternate_0.07/ Fig. 8a/A3 n8_t6_alternate_0.07/ Fig. 8b/B1 n8_t7_alternate_0.07/ Fig. 8b/B2 n8_t6_block_0.07/ Fig. 8b/A1 n8_t7_block_0.03/ Fig. 8b/A2 Each directory contains the individual eigenvalues for all the chains. Running the MATLAB code (plot_generic_kappa.m) maps these eigenvalues to colorcodes. The excel sheet contains the conversion between timesteps and the actual simulation time for all the simulations performed. Each sheet name in the excel file corresponds to the directory. ----------------------------------------- DATA-SPECIFIC INFORMATION FOR: Fig 9 ----------------------------------------- Use VMD 1.9.1 or later to open the file. Guide to open the file 1) Open VMD 2) Go to the File menu and load all trajectory files in each folder to the SAME molecule The figure data corresponds to the following snapshot number Fig. 9(a) -> snapshot #441 Fig. 9(b) -> snapshot #4596