├── SERCA_PLN_E2_apo_Ensemble.xtc
├── SERCA_PLN_E2_apo_frame0.gro
├── SERCA_PLN_E2_pS16_Ensemble.xtc
├── SERCA_PLN_E2_pS16_frame0.gro
├── analysis_CheckRestraints
│   ├── REMD_restraints_6p5x6p5in.ai
│   ├── REMD_restraints_6p5x6p5in.jpg
│   ├── data_Cys674Distances
│   │   ├── MD_DIST_0-to-15
│   │   │   ├── afa
│   │   │   │   ├── ALA.0.CB.CYS.674.SG.dat
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│   │   │   │   ├── SER.10.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── THR.8.CB.CYS.674.SG.dat
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│   │   │   ├── plot_pres.py
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│   │   │   │   ├── LEU.7.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── LYS.3.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── MET.1.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── SER.10.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── THR.8.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── TYR.6.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── VAL.4.CB.CYS.674.SG.dat
│   │   │   │   ├── analyse_dist_pre.tcl
│   │   │   │   └── com_dist.tcl
│   │   │   ├── results_afa.dat
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│   │   │   ├── sorted.dat
│   │   │   ├── sorted.ods
│   │   │   └── summarize.py
│   │   └── MG_PNAS2013
│   │       ├── Figure6.ai
│   │       └── Figure6.tif
│   ├── data_RAOR_Tilt_Azim
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│   │   ├── plot_azims.svg
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│   │   ├── plot_tilts.svg
│   │   └── raw_data
│   │       ├── Angle_analysis.py
│   │       ├── afa
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│   │       │   ├── nonP_PLN_SERCA_E2_PLNonly.gro
│   │       │   └── nonP_tilt.dat
│   │       ├── ps16
│   │       │   ├── angles.bash
│   │       │   ├── pS16_Az.31.dat
│   │       │   ├── pS16_Az.32.dat
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│   │       └── readme.txt
│   ├── data_RAOR_xlinks
│   │   ├── COM_sidechain_NOTUSED
│   │   │   ├── xlink_afa
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│   │   ├── plot
│   │   │   ├── CYS.318.ASN.30.xlink.svg
│   │   │   ├── LEU.321.ASN.30.xlink.svg
│   │   │   ├── LEU.321.LYS.27.xlink.svg
│   │   │   ├── LYS.328.ASN.30.xlink.svg
│   │   │   ├── LYS.328.GLN.23.xlink.svg
│   │   │   ├── LYS.328.LYS.27.xlink.svg
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│   │   ├── plot_xlink.py
│   │   ├── xlink_afa
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│       ├── plot_wave_ps16.py
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├── analysis_CheckRestraints.zip
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│   │   │   ├── 1b.contacts.xyz.dat.BAK
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│   │   ├── plot2d_ps16_compact.py
│   │   └── ps16
│   │       ├── 1b.contacts.xyz.dat
│   │       ├── 1b.contacts.xyz.dat.BAK
│   │       ├── analyse.tcl
│   │       ├── analyse_contacts.tcl
│   │       ├── distance_R9toS16.dat
│   │       ├── distance_bsite.dat
│   │       ├── totalbyframe.dat
│   │       ├── totalbyframe.dat.BAK
│   │       └── totalbyframe.py
│   ├── analysis_Per-Res_PLN_Contacts_Structure
│   │   ├── contacts_pln
│   │   │   ├── afa
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│   │   │   │   ├── flirt.tcl
│   │   │   │   ├── pln.contacts.byresid.pairxy.dat
│   │   │   │   ├── pln.contacts.byresid.xy.dat
│   │   │   │   ├── serca.contacts.byresid.pairxy.dat
│   │   │   │   └── serca.contacts.byresid.xy.dat
│   │   │   └── ps16
│   │   │       ├── analyze.tcl
│   │   │       ├── flirt.tcl
│   │   │       ├── pln.contacts.byresid.pairxy.dat
│   │   │       ├── pln.contacts.byresid.xy.dat
│   │   │       ├── serca.contacts.byresid.pairxy.dat
│   │   │       └── serca.contacts.byresid.xy.dat
│   │   ├── plot_pln.ps
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│   │   ├── plot_serca.ps
│   │   ├── plot_serca.py
│   │   └── structural_content
│   │       ├── domain1b_helix.ods
│   │       ├── helical_content.ods
│   │       ├── secondary_structure.tcl
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│   │       └── structure.all.ps16.dat
│   └── analysis_WheelTMContacts
│       ├── Figure_TopView.ai
│       ├── Figure_TopView.jpg
│       ├── Untitled-2-relabel.ai
│       ├── Untitled-2.ai
│       ├── afa
│       │   ├── afa_filtered.dat
│       │   ├── afa_filtered_1b.dat
│       │   ├── analyze.tcl
│       │   ├── filter.py
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│       │   ├── filter_1b.py
│       │   ├── filter_1b.py~
│       │   └── pln.contacts.byresid.pairxy.dat
│       ├── pepwheel_AFA.ps
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│       ├── pepwheel_M6_rev.ps
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│       ├── ps16
│       │   ├── afa_filtered.dat
│       │   ├── afa_filtered_1b.dat
│       │   ├── analyze.tcl
│       │   ├── filter.py
│       │   ├── filter.py~
│       │   ├── filter_1b.py
│       │   └── pln.contacts.byresid.pairxy.dat
│       └── top_tm_contacts.xlsx
├── analysis_Contacts.zip
├── analysis_HeadPieceDistances
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│   ├── data_HeadPieceDisct_vs_PCA
│   │   ├── analyse_dist_mode1.tcl
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│   │   ├── distance_N-P.mode2.dat
│   │   ├── plot_mode_distance.ps
│   │   ├── plot_mode_distance.py
│   │   └── scripts
│   │       ├── com_dist.tcl
│   │       └── com_dist.tcl~
│   └── data_RAOR_HeadPieceDistances
│       ├── afa
│       │   ├── distance_A-N.dat
│       │   ├── distance_A-P.dat
│       │   └── distance_N-P.dat
│       ├── plot_distance_A-N.jpg
│       ├── plot_distance_A-N.py
│       ├── plot_distance_A-N.svg
│       ├── plot_distance_A-P.jpg
│       ├── plot_distance_A-P.py
│       ├── plot_distance_A-P.svg
│       ├── plot_distance_N-P.jpg
│       ├── plot_distance_N-P.py
│       ├── plot_distance_N-P.svg
│       ├── ps16
│       │   ├── distance_A-N.dat
│       │   ├── distance_A-P.dat
│       │   └── distance_N-P.dat
│       └── scripts
│           ├── analyse_dist.tcl
│           └── com_dist.tcl
├── analysis_HeadPieceDistances.zip
├── analysis_HelixAllostery
│   ├── MD_Angle_Analysis.py
│   ├── angles.bash
│   ├── correlations_afa_tilt.dat
│   ├── correlations_ps16_tilt.dat
│   ├── data_MSH
│   │   ├── nonP_M10_964-991_Azi978.dat
│   │   ├── nonP_M10_964-991_tilt.dat
│   │   ├── nonP_M1_lum60-70_Azi70.dat
│   │   ├── nonP_M1_lum60-70_tilt.dat
│   │   ├── nonP_M2_cyt106-120_Azi114.dat
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│   │   ├── nonP_M2_lum90-105_tilt.dat
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│   │   ├── nonP_M3_cyt248-257_tilt.dat
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│   │   ├── nonP_M3_lum258-273_tilt.dat
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│   │   ├── nonP_M4_cyt313-330_tilt.dat
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│   │   └── readme.txt
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│   │   │   └── MSH
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│   │   │   └── prep.in
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│   │   ├── distance_N-P.mode2.dat
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│   │   └── scripts
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│   │       └── com_dist.tcl~
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│   │   ├── list.txt
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│   │   ├── mode2_movie.bash
│   │   ├── mode2_movie.tcl
│   │   ├── modes.prmtop
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│   └── readme.txt
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│   │       └── procpar
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│   │       ├── procpar
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│   │       ├── afa-serca-e1.ucsf
│   │       └── procpar
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│   │   └── sample5_ps16-afa-serca-e2_rawdata
│   │       ├── procpar
│   │       ├── ps16-afa-serca-e2-fid
│   │       ├── ps16-afa-serca-e2-fid.com
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│   └── sample6_ps16-pln-afa-SERCA-E1
│       ├── sample6_ps16-afa-serca-e1_Atom_chem_shift_list.star
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│       └── sample6_ps16-afa-serca-e1_rawdata
│           ├── procpar
│           ├── ps16-afa-serca-e1-fid
│           ├── ps16-afa-serca-e1-fid.com
│           ├── ps16-afa-serca-e1-seslf.com
│           ├── ps16-afa-serca-e1.fid
│           ├── ps16-afa-serca-e1.ft
│           ├── ps16-afa-serca-e1.list
│           └── ps16-afa-serca-e1.ucsf
├── data_OS-ssNMR.zip
├── nonP_PLN_SERCA_E2.gro
├── nonP_PLN_SERCA_E2_8rep_dt40.xtc
├── pS16_PLN_SERCA_E2.gro
├── pS16_PLN_SERCA_E2_8rep_dt40.xtc
├── representativeStructures_serca-afa
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│   │   └── script.pymol
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│   │   └── script.pymol
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